Кључна разлика: МСИ датотека је извршна датотека која се користи за инсталацију, одржавање и уклањање софтвера на модерним Мицрософт Виндовс системима. ЕКСЕ датотека је кратица за 'извршну' и има .еке екстензију. Главна сврха извршне датотеке је инсталирање или покретање датотека које су већ инсталиране на рачунару.
Да бисте инсталирали софтвер на рачунару, потребно је да преузмете инсталациони програм било да га купите или да преузмете бесплатне програме са интернета. Постоје двије врсте датотека које се могу наћи приликом инсталирања софтвера, МИС или ЕКСЕ; обје датотеке су извршне датотеке проширења. Иако оба ова фајла обављају исту функцију, инсталирају и покрећу програме, то раде на различите начине.

МСИ датотека је извршна датотека која се користи за инсталацију, одржавање и уклањање софтвера на модерним Мицрософт Виндовс системима. Термин 'МСИ' је изведен из назива Мицрософт Инсталлер, који је сада промијењен у Виндовс инсталатер. Информације о МСИ датотеци се чувају у инсталационим пакетима, а датотеке имају екстензију .мси. МСИ датотеке се користе са програмом Виндовс Инсталлер и захтијевају ЕКСЕ датотеку како би се покренуо процес или покренула апликација. МСИ датотеке најчешће користе Мицрософт за ажурирање прозора или апликације.
Када се МСИ датотека двапут кликне, Виндовс Инсталлер ће се појавити на екрану и почети да издваја датотеку из пакета, креира потребне фолдере и датотеке у диск јединицама које је корисник навео и може такође да креира пречице ако је то наведено у пакету. . МСИ датотека се не покреће на МАЦ рачунарима и мора се конвертовати у ЕКСЕ датотеке користећи одговарајући софтвер за конверзију. Предност коришћења МСИ датотеке је у томе што је он дизајниран за инсталацију без надзора, гдје инсталатер може водити евиденцију притисака на типке или кликова који су додијељени за преузимање датотеке. Још једна корист од коришћења МСИ датотеке је доступност стандардног ГУИ-а, који се може прилагодити до одређеног степена и уклања комплексност креирања сопственог интерфејса. МСИ такође нуди опцију инсталације на захтев, где само преузима мање датотеке на рачунар и преузима остатак датотека када се апликација први пут покрене.

ЕКСЕ датотека је кратица за 'извршну' и има .еке екстензију. Главна сврха извршне датотеке је инсталирање или покретање датотека које су
већ инсталиран на рачунару. Чак и МСИ датотеке које су инсталиране на рачунару имају једну или двије ЕКСЕ датотеке да би се покренуле одређене датотеке. Употреба ЕКСЕ датотеке даје девелоперу потпуну слободу у начину на који инсталатер комуницира са корисником. Ове датотеке се најчешће користе како би се извршиле савремене игре. Ови инсталатери користе интерактивне, шарене интерфејсе како би забавили кориснике док се пакети инсталирају.
ЕКСЕ датотеке су компатибилне са скоро свим оперативним системима, али се најчешће виде са ДОС, ОпенВМС, Мицрософт Виндовс, Симбиан и ОС / 2. Уз извршни програм, многе ЕКСЕ датотеке такођер обухваћају и друге компоненте, назване ресурсима; који могу укључивати битмапе и иконе које извршни програми могу користити за свој ГУИ. За разлику од МСИ фајлова који имају могућност да запамте ваше изборе током инсталације, ЕКСЕ датотеке могу захтевати од корисника да кликне на 'ОК' или 'Нект' током инсталације. ЕКСЕ датотеке се такође сматрају опасним и непознатим датотекама не треба преузимати јер се може користити као систем за испоруку вируса или других злонамјерних рутина.
Одлука о врсти извршне датотеке коју треба изабрати приликом израде програма за инсталацију софтвера се заснива на програму који имате и количини напора које желите да уложите у програм за инсталацију. Док вам ЕКСЕ даје слободу да направите инсталатер са прилагодљивим опцијама, МСИ поједностављује задатак тако што се прилагођава постављеним стандардима.