Кључна разлика: Арцхаеа су једноћелијски организми којима недостају језгра и ослобађају метан као производ метаболизма. Бактерије су једноћелијски организми којима недостаје нуклеус, митохондрији, хлоропласти, глибоди и ЕР.
Организми су важни за наше постојање као људи и сва друга жива бића су еволуирала од њих. Организми се могу сврстати у две категорије: еукариота и прокариот. Прокариотски микроорганизми могу се даље сврстати у три домена: еукарија, бактерије и археје. Ово може постати помало збуњујуће јер су ова два слична у изгледу и често се могу збунити на основу изгледа самога, иако се они разликују један од другог на много начина.
Арцхаеа је слична бактеријама у облику и величини; одатле потиче конфузија, али неке археје имају веома необичне облике, као што су Халокуадратум валсбии организми имају равне и квадратне ћелије. Археје су такође најстарији организми који су откривени. Они се крећу у распону од 0, 1 микрометара (μм) до преко 15 μм у пречнику и појављују се у различитим облицима, укључујући сфере, шипке, спирале, плоче, лиснате ћелије, игличасте нити и правокутне шипке. Иако археа изгледа слично бактеријама, има гене и метаболичке путеве који су слични еукариотима, укључујући и три РНК полимеразе. Арцхаеа се ослања на етарске липиде у својој ћелијској мембрани за преживљавање. Још једна јединствена карактеристика археје је да могу преживјети у екстремним увјетима, као што су екстремно вруће, екстремно хладне или екстремно слане воде. Такође, на зидовима архејских ћелија недостаје пептидогликан, који је присутан у бактеријама. У већини археа зид је састављен од протеина површинског слоја, који формирају крути низ протеинских молекула који покривају спољашњост ћелије, слично ланчаној. Археа добија енергију из различитих извора као што су шећери, амонијак, јони метала, гас водоника, сунчева светлост и угљеник, док производи као азот, метан, сумпорну киселину, итд. Археје се репродукују кроз мере као што су бинарна фисија, фрагментација или пупање. Археа је играла и наставља да игра огромну улогу у циклусу угљеника и циклусу азота на Земљи.
Бактерије су највећи домен прокариотских микроорганизама. Вјерује се да су они међу првим облицима живота који су се појавили на Земљи и присутни су на већини станишта, укључујући становање у тијелима људи, животиња и биљака. Процењује се да на Земљи постоји отприлике пет нониллион (5 × 10 ^ 30) бактерија. Иако су бактерије првобитно сматране биљкама које чине класу Сцхизомицетес, сада се класифицирају под прокариоте. За разлику од ћелија еукариота, бактеријске ћелије не садрже нуклеус и ретко имају мембранске органеле. Термин 'бактерија' је множина нове латинске 'бактерије' и потиче од грчког βακτηριον (бактерион) и βακτηρια (бактериа), што значи 'особље, штап ”који се односи на облик организама који су пронађени на време. Термин 'бактерија' је коришћен да означи све прокариоте, мада је касније промењен пошто су додатна открића пронашла разлике међу организмима.
Бактерије су обично дужине од неколико микрометара у различитим облицима, укључујући коке, бациле, вибрио, спириле, спирохете и кубидне. Бактеријске ћелије су приближно једне десетине величине еукариотских ћелија и обично су дужине 0, 5–5, 0 микрометара. Облик бактерија је одређен ћелијским зидом и цитоскелетом, који мења и прилагођава се како би примио одговарајуће хранљиве материје, прикачио се за површине, пливао кроз течности и побегао предаторе. Бактеријски зид је окружен липидном мембраном која затвара и држи хранљиве материје, протеине и друге битне компоненте цитоплазме унутар ћелије. Као прокариоте, бактерије немају мембранске органеле и стога садрже неколико великих интрацелуларних структура. Њима недостаје истинско језгро, митохондрије, хлоропласти и друге органеле. Они такође имају само једну РНА полимеразу. Ћелијска мембрана садржи естерске везе, док су ћелијски зидови направљени од пептидогликана. Бактерије расту и репродукују се асексуално кроз бинарну фисију.
Бактерије су важан део планете и играју велику улогу у рециклирању хранљивих материја, као што је фиксација азота из атмосфере и труљење. Чак иу екстремним условима, бактерије обезбеђују хранљиве материје потребне за одржавање живота претварањем растворених једињења као што су сумпороводик и метан. Бактерије такође могу нашкодити телу тако што производе различите болести код људи, као што су респираторне болести, ХИВ, итд. За многе болести, антибиотици се користе да се тело ослободи штетних бактерија. Бактерије имају и друге употребе, као што је третман отпадних вода, разбијање излијевања уља, производња сира и јогурта, рекуперација злата, паладијума, бакра и других метала.